Alipay có nhiều cơ chế bảo mật để đảm bảo an toàn cho tài khoản người dùng. Tài khoản Alipay yêu cầu người dùng thiết lập mật khẩu đăng nhập và mật khẩu thanh toán phải khác nhau. Người dùng chỉ nhập được mật khẩu đăng nhập tối đa năm lần và mật khẩu thanh toán tối đa ba lần. Để lấy lại tài khoản, người dùng cần liên hệ đến Alipay.[41] Người dùng cần cài đặt chứng chỉ kỹ thuật số, để mã hóa thông tin được gửi qua mạng, ngăn chặn các tin tặc đánh cắp mật khẩu, từ đó tăng cường bảo mật cho giao dịch trực tuyến.[42]